В 70-е годы Фоменко существует между двух столиц. С 1972 года он режиссер, а с 1977 по 1981 — главный режиссер Ленинградского театра Комедии. Здесь им были выпущены спектакли: «Этот милый старый дом» по А. Арбузову (1972), «Троянской войны не будет» Ж. Жироду (1973), «Старый Новый год» М. Рощина (1974), «Мизантроп» Мольера и «Муза» Г. Никитина (оба — 1975), «Лес» А. Островского и «Свадьба. Юбилей» А. Чехова (оба — 1979), «Теркин-Теркин» А. Твардовского (1980), «Сказка Арденского леса» У. Шекспира (1981) и другие. В эти же годы им были поставлены спектакли в московских театрах: «Экзамены никогда не кончаются» по Э. де Филиппо (1976) в театре Советской Армии и «Любовь Яровая» К. Тренева (1977) в Малом театре.

Одновременно с работой в театре Фоменко много и плодотворно трудится на Центральном телевидении, создавая свой неповторимый телетеатр. В него входят такие телеспектакли как: «Новеллы о Ходже Насреддине» (1967); «Пиковая дама» по А. С. Пушкину (1969 и 1985); «Детство. Отрочество. Юность» (1970) и «Семейное счастие» (1972) по Л. Н. Толстому; «Выстрел» (1979), «Метель» (1982) и «Гробовщик» (1991) по А. С. Пушкину. Кроме того Фоменко снимает полнометражные художественные фильмы: «На всю оставшуюся жизнь» по «Спутникам» В. Пановой (1974–1975) на студии Лентелефильм, «Почти смешная история» по сценарию Э. Брагинского (1976–1977) на Центральном телевидении и «Поездки на старом автомобиле» (1986) на студии Мосфильм.

Параллельно с педагогической работой Фоменко продолжает ставить спектакли в московских театрах. Среди режиссерских работ Фоменко, созданных в 80–90-е годы на сценах различных театров такие спектакли как: «Плоды просвещения» Л. Н. Толстого в театре им. В. В. Маяковского (1985); «Без вины виноватые» А. Н. Островского (1993) и «Пиковая дама» по А. С. Пушкину (1996) в театре им. Евг.Вахтангова; «Калигула» А. Камю в театре им. Моссовета (1990), «Великолепный рогоносец» Ф. Кроммелинка в театре «Сатирикон» (1994) и другие.

В 1993 году актерско-режиссерский курс Фоменко (набор 1988 года) получил статус театра, художественным руководителем которого стал Петр Наумович Фоменко. На афише театра — поставленные режиссером спектакли: «Волки и овцы» А. Н. Островского (1992), «Одна абсолютно счастливая деревня» по Б. Б. Вахтину (2000), инсценировки прозы Л. Н. Толстого «Семейное счастие» (2000) и «Война и мир. Начало романа. Сцены» (2001), «Безумная из Шайо» Ж. Жироду (2001), «Он был титулярный советник» по «Запискам сумасшедшего» Н. В. Гоголя (2004), «Три сестры» А. П. Чехова (2004), «Прости нас, Жан-Батист» по «Мещанину во дворянстве» Ж. -Б. Мольера (2006),  «Как жаль» по пьесе Г. Маркеса «Любовная отповедь сидящему в кресле мужчине» (2006), «Бесприданница» А. Н. Островского (2007),  мюзикл Ю. Кима «Сказки Арденского леса» по У. Шекспиру со стажерской группой нашего театра (2008) и «Триптих» по произведениям А. С. Пушкина (2009). Принимал участие в выпуске спектаклей «Театральный роман» и «Заходите, заходите». Последние годы жизни репетировал «Бориса Годунова» А. С. Пушкина.

Постановки Петра Фоменко в разные годы видели зрители Польши, Франции, Италии, Испании, Германии, Японии, Колумбии, Китая, Греции.